在强化中医药学科专业建设方面，《意见》指出，调整优化中医药院校学科专业布局，集中优势资源做强做大中医药主干专业。建设100个左右中医药类一流本科专业建设点。布局中医养生学、中医康复学等服务生命全周期的中医药专业。五年内完成第一轮中医学专业认证工作。
《意见》提出，试点探索中医学九年制人才培养，试点工作中新增加的招生规模主要用于支持中医药院校与其他高校联合培养高层次复合型中医药人才。长学制学生转入研究生阶段学习时应纳入并占用相关高校当年相应层次研究生招生计划。
课程上，《意见》明确，要提高中医学类专业经典课程比重，将中医药经典融入中医基础与临床课程。增设中医疫病相关课程。推动中药类专业课程体系改革，增设中医相关课程，加强中药鉴定学、中药炮制学、临床中药学等课程教学。
考核方面，开展中医药经典能力等级考试，逐步实现本科中医药专业学生和中医住院医师规范化培训人员全覆盖，纳入学生学业评价体系和规范化培训考核体系。
《意见》还提出，试点开展九年制中西医结合教育，培养少而精、高层次、高水平的中西医结合人才。允许攻读中医专业学位的临床医学类专业学生参加中西医结合医师资格考试和中医住院医师规范化培训，研究生毕业须达到中医专业学位授予标准。2021级起，中医药课程列为本科临床医学类专业必修课和毕业实习内容，增加课程学时。
招生方式上，《意见》要求，自2021年开始，原则上停止中职中医专业招生。逐步增加中医（全科医学领域）专业学位硕士研究生招生计划，扩大农村订单定向免费培养中医专业医学生规模。
此外《意见》提到，对不符合临床教学基地标准的医院，撤销其临床教学基地资格；对没有合格直属附属医院的中医药院校，限期整改，仍不合格者，取消其中医、中西医结合类专业设置。
