1、教授治校。耶鲁最重要的管理特色是“教授治校”，这一特色对美国高等教育界产生了巨大影响。建校初期，经过3代校长的努力，耶鲁逐渐形成了董事会不具体参与校务管理、而由教授会治校的法规。在当时的美国流传着这样一句话：“普林斯顿董事掌权、哈佛校长当家、耶鲁教授做主”。
2、人文主义。耶鲁人文教育的目标之一是培养学生的人文情怀—— 一种探索人生真谛的理性态度，即关怀人生价值的实现、人的自由与平等以及人与社会、自然之间的和谐等。因而在耶鲁的校徽上，书写着“光明与真知”几个字，那就是继承欧洲人文科学传统，为教会，更具体地说是为公理、为民众培养的神职人员——在耶鲁1701年的宪章上写道：教育的目的是使年轻人“能为教会和公共事业服务”。现任校长理查德·莱文也说：“让青年学生们用自己在学术、艺术等专业上的成就为社会做出贡献，为人类生存条件的改善而工作。”
3、课程特点。虽然耶鲁十分尊重传统教育，但对学生没有设置特定的课程要求，也没有所谓的核心课程，取而代之的是一种更宽松的选课制度。耶鲁要求学生的学习既有深度又有广度：有深度，即学生要学习专业课;有广度，即学生要进行三个领域(即人文艺术、自然科学、社会科学)和三种技能(写作、定量推理、外语)的学习。
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