15世纪末，由欧洲通往美洲的大西洋航道被哥伦布开辟，欧洲人纷纷远涉重洋来到美洲。17世纪初，首批英国移民到达北美，在那里开拓自己的“伊甸园”——新英格兰。移民中有100多名清教徒，曾在牛津和剑桥大学受过古典式的高等教育，为了让他们的子孙后代在新的家园也能够受到这种教育，他们于1636年在马萨诸塞州的查尔斯河畔建立了美国历史上第一所学府——哈佛学院。
哈佛学院
1636年10月28日，马萨诸塞海湾殖民地议会通过决议，决定仿照英国剑桥大学，筹建一所高等学府，每年拨款400英镑;学校初名“新学院(New College)”或“新市民学院(the college at New Towne)”，成为全美第一所高等教育机构。1638年9月14日，牧师兼伊曼纽尔学院院长的J.哈佛病逝，他把一半的积蓄720英镑和400余册图书捐赠给这所学校。同年正式开学，第一届学生共9名。1639年3月13日，为感谢以及纪念约翰·哈佛牧师在创立初期对学院的慷慨捐助，马萨诸塞海湾殖民地议会通过决议，将学校更名为“哈佛学院”。1650年哈佛学院获准成立法人机构。1693年，北美第二所学府威廉·玛丽学院诞生;1701年，耶鲁学院(耶鲁大学的第一所学院)成立。这两所学院的出现，使哈佛学院有了伙伴和竞争的对手;受英国古老大学传统影响较深的哈佛学院，面临着强有力的挑战。哈佛学院最初模仿英国的大学模式展开办学，但清教徒的哲学思想却获得了保留。在很长一段时间里，学院的领导者都由神职人员担任，直到1708年第一个非清教成员的校长上任，哈佛才从清教思想的管制中独立出来。1721年学校正式设立神学教授职位。1727年，为顺应北美产业革命的势头兴起、新兴的工商业对应用科学的需求，哈佛学院设立了数学和自然科学的教授职位。数学和自然科学开设后，哈佛学院还置备了一批科学仪器和设备，教授们用实验的方法，向学生讲授天文、物理和化学知识;在数学领域内，设立了测量术和航海术等技术学科。
哈佛大学
1775~1783年，北美13个英国殖民地爆发了反对英国殖民统治的独立战争。哈佛学院顺应潮流，站在同情和支持独立战争的正义事业一边。在马萨诸塞，几乎所有著名的革命者都是哈佛的毕业生，包括美国《独立宣言》起草人之一、美国第二任总统约翰·亚当斯。1775年7月3日，乔治·华盛顿在哈佛学院所在地坎布里奇就任北美独立战争军队的统帅，他的司令部也一度设在坎布里奇。1776年美利坚合众国诞生后，哈佛学院为独立战争的主要领导人乔治·华盛顿、托马斯·杰斐逊(《独立宣言》主要起草人，美国第三任总统)、约翰·杰伊(美国联邦最高法院首任首席大法官)、亚历山大·汉密尔顿(首届美国联邦政府财政部长)等人授予荣誉法学博士学位。
1780年马萨诸塞州颁布新宪法，哈佛学院扩建、更名为哈佛大学;同年设立医学教授职位。医科开设后，教授们开展各种各样的科学研究，并将研究成果发表在北美和英国学术刊物上，自然科学终于在哈佛建立起牢固的阵地，并开始对其它学院产生影响。在北美独立战争初年，哈佛学院的基金，连同地产的租金在内，不足1700英镑。
战后的1793年，哈佛的基金已超过18.2万美元。
霍利斯神学教授David Tappan和校长Joseph Willard分别于1803、1804年去世后，经历了一场斗争，1805年，哈佛由一位论派者Henry Ware接手管治，办学精神开始向亚米念主义过渡;这也使美国的教育机构开始世俗化。他们与联邦党结盟，并开办了很多机构，以扩大其政治及文化势力;与此同时，一些神学的保守派人士则利用大众传媒，评击对方企图凝造寡头政治文化及破坏共和国的政治原则。哈佛因此在1850年代被称作“一位论派的梵蒂冈”。
1816年 成立神学院，1817年成立法学院。1829年，昆西(J·Quincy)出任哈佛大学校长，他大刀阔斧、极力扭转哈佛大学的方向，大力提倡重视理科教学。他任职的16年期间(1829~1845年)，在哈佛大学办起了理学院，建立了一座天文台。18世纪和19世纪，随着哈佛大学的发展，学校课程内容范围扩大、重心切换，自然科学受到了极大重视。
19世纪上半叶，哈佛大学的影响力超出马萨诸塞州之外，到达美国中部和南部。
1869—1909年，查尔斯·威廉·艾略特(Charles William Eliot)担任校长，从根本上使哈佛蜕变为现代美国的研究型大学。查尔斯·艾略特在任校长期间，将课程中固有的基督文化成分删去，让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化;他使法学院、医学院获得了新的活力，并且新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院，注册学生从1000人上升到3000人，教学人员从49名增加到278名，学校基金从2300万美元增加到2.25亿美元。
Eliot的改革措施包括选修课程，小班授课，以及入学考试，此一“哈佛模式”影响了美国国家的高等和中等教育政策。此外，Eliot还负责出版了著名的“哈佛经典”，从多个学科收集“伟大的书”。在1926年逝世后，他的名字已和“哈佛”共同成为美国高等教育的同义词。
20世纪，哈佛的地位及声誉，随着所获捐助及教授的人数上升而迅速提升，申哈佛大学校门请入学的学生人数也因课程数目的增大及校园的扩建而增加，其在1900年成为美国大学协会的创始成员。于1879年成立的拉德克利夫学院与哈佛结盟为姊妹学校，亦成为了美国当时最著名的女子学校;后来两者合并，拉德克利夫成为了哈佛大学的一部分。
1909~1933年，洛厄尔(Abbott Lwrence Lowell)担任哈佛大学校长，他重新制定了大学本科生课程计划，实行课程的集中与分配相结合的制度，以便使学生受到良好的基础教育;而洛厄尔实行的导师制，至今仍被哈佛大学沿用。这一制度的实施使得在大型的综合大学中，本科生都有一个小型的学院环境，新生入学后的第一年住在哈佛校园内或附近的宿舍中，一年以后，学生们分住在12幢宿舍楼内，还为少数走读生设置了第13幢宿舍楼。每幢宿舍楼内有一位住校教师和一个导师组，指导学生的学习和生活。
1933年上任的校长詹姆斯·布莱恩特·科南特重新建立了创意奖学金制度，以鼓励及吸纳人才、确保学校在研究机构中的领导地位。他认为高等教育是为真正有才华的人服务而不是富家子弟。他调整课程制度，以物色、招聘、并支持有才华的青年。
他更在1943年要求教职员对“什么才是中等及高等教育的目的”提出明确的看法，1945年，由此诞生出的报告成为20世纪美国最影响力的教育宣言之一。1945~1960年，哈佛改变了收生政策，开始接受来自不同背景的学生，而不只是一些来自贵族学校的子弟。学生的种类也开始多元化，校园里多了不少犹太人及天主教徒，但黑人及亚洲人仍只占极少数。
1953~1971年，普西任校长，在他的主持下，哈佛大学进行了美国高等教育史规模最大的募捐活动，筹集资金达8.25亿美元，这项活动提高了哈佛大学教师的薪金，扩大了对学生的资助，建立了新的教授职位，充实了教学设备。
1971年~1991年，博克担任校长，他精心处理了高等教育中一些主要问题，包括行政管理、少数民族和妇女受教育的机会以及学术界与工业界之间的技术转换等问题，博克校长还重新组织了哈佛大学的管理机构，把现代化的管理方法和程序引进到哈佛大学的各个研究生院和各个系科。
1991年，陆登庭出任第26任校长，为了更好地协调各学院和教师关系，他开创了一个全校集中的的学术计划，目的是辨别出哈佛最主要和优先的部分。另外，陆登庭还强调大学的责任：优秀的本科教育，大学的门始终向不同经济阶层的人敞开，研究型大学如何适应信息快速增长和严重财政约束的时代，在一个自由表达的社会中迎接挑战。
20世纪末，女性在哈佛的地位也开始不断上升。初期，女性学生仍集中在拉德克利夫学院。虽然越来越多的女学生愿意报读哈佛的课程，但哈佛的学生仍以男性居多，五个学生里平均只有一个女性1999年，拉德克利夫学院正式成为哈佛大学的拉德克利夫高等研究学院。
时任院长的德鲁·吉尔平·福斯特也后在2007年正式成为哈佛创校300多年以来第一位女性校长，亦是继宾夕法尼亚大学、布朗大学与普林斯顿大学后，常春藤盟校的第四位女性校长。
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