高考改革采取科目自选，可以最大限度发挥学生特长规避学生短科的改革，这对学生特长个性发展无疑具有激励作用，对于推进素质教育减轻学业负担具有不可低估的意义。但选择权大大增加，怎么选择却成为新难题。当下，怎么帮助学生做出理性选择，让学生的选择能够体现自己的学科优势，是改革之中必须面对的现实问题。
过去，文理分科考试，也需学生做出选择，但这种非文即理的二选一选择，是很难发挥优势学科水平的。高考改革取消文理分科可以说显得很人性，因为不是所有报考理科的学生都对理科感兴趣，报考文科的也不见得文科就是其特长。现在通过多科目的灵活选择，选择机会大了，但如何让学生能够理性选择却成为另一种纠结，不是学生能够准确称量自己能力的。
理性选择，最根本的是要突出选择的科学性、合理性。
所谓科学，就是要能过准确反映学生的真实水平。学科水平，当然可以通过平时与阶段性考试的成绩来体现，但是成绩绝非唯一标尺。过去我们对学生的学科水平评价，唯一的参照指标是考试成绩，但事实证明依靠考试分数来评价水平并不科学，一些学生考试成绩不理想却对这门学科有兴趣，而且实践能力也很强;一些学生虽然考试成绩一直立于不败之地的，也许对这门学科并无兴趣，除了考试能够占优势，实践能力并不见佳。因此要评价一门学科的真实水平，应该考量的指标除了考试分数，还应该考量对这门功课的兴趣爱好，考量对这门功课的潜在实践能力与发展能力。
所谓合理，要求选择科目应与日后深造的专业有必定联系，与学生日后事业发展有必要的关联。作为基础教育与高等教育重要衔接阶段的高中教育，既要体现基础教育特色，又要关注高等教育的入门，让学生选择科目选择，其目的是既要保证夯实学业基础，又要让大学选拔合适人才。这就要求学生的选课能够为深入大学乃至今后就业提供帮助，能够在学习中如鱼得水，主动学习，主动探究，快乐学习，学以致用，从而人尽其才。
面对选择余地的大幅增加，对于学生来说，是很难保证科学合理的，很多学生可能会跟风而行，有的看学霸的选择，有的可能随大流，有的简单看就业专业的热度。不仅是学生难以把握，就连家长也很容易眼花缭乱，导致参考失准。因此要让所有学生都能够进行理性选择，学校的指导至关重要。学校既要力戒一言堂，避免简单包办。学生选择，必须充分考虑学生个人意愿，决不能一厢情愿借平衡学科等理由强搞拉郎配。又要预防学生盲目跟风选择、随便选择，让选择成为一大遗憾。这就要求学校比过去要花更多心思，特别关注学生平时对学科的兴趣，从平时的教育中发现学生的学科潜能，要有慧眼识英才的伯乐情怀，能够相中各学科的千里马。
高考改革进行自由选科，其实是把双刃剑，选择科学合理，有益人尽其才，减轻课业负担，推进素质教育;反之，则会让学生稀里糊涂，留下更多遗憾，加重精神负担。面对选择难题，学校必须同步做好指导功课。而这样的功课的指导，不是简单考试就能够解决，而是需要平时对学生的学习进行长期跟踪积累。看来，在进行科目选择考试改革中，学校比过去更需要多下功夫。
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