这两个工程给入围高校带来了很高的社会地位、社会声誉及良好生源，更重要的是，它们借此获得了政府大量资源的投入。据媒体报道，2013年，作为“211”、“985”序列的清华大学科研总经费最多，为39.31亿元，财政拨款为27.75亿元，占了70.6%，而非“211”、“985”的高校科研经费最多的西南石油大学，4.6亿元中仅有26.1%为财政拨款，约1.2亿元，两者科研经费所获的财政支持相差26亿之多。
政府投入这么多钱，效果如何?据有关分析，目前不论在英国QS世界大学学科排名中，还是在世界大学学术排名中，我国已有一批学科达到世界一流水平，一批高水平大学具备了向世界一流大学冲刺的基础和实力。另外，在《泰晤士报高等教育》的世界大学声誉排名和QS世界大学排名的学术声誉调查指标上，北大、清华等若干所大学的国际知名度，已经达到甚至超过了很多世界一流大学。
可见，高投入确实有助于国内知名大学的实力提升。但是，“211”和“985”工程也带来问题。比如，有人认为，“211”和“985”工程日渐成为大学的一种等级乃至固化的利益格局，已然与建设世界一流的大学、学科及专业的初衷渐行渐远，它们在激发高校办学积极性上的边际效应已经发挥到尽头，其工程本身成为了新的“大锅饭”和“铁饭碗”。
笔者认为，外界之所以对实施“211”和“985”工程反响强烈，其中一个关键的原因是经费投入的体制机制问题。长期以来，在教育资源配置的过程中，政府有关行政部门不但掌握着这些经费的投向和使用方式，而且还控制着与此相关的评估考核模式。这种由政府主导资源的配置机制，表面看是由政府出于建设一流大学和一流学科而作出的一种目标导向，实际上则很容易成为高等教育体制内设租、寻租的通道，给靠“跑部钱进”、腐败、弄虚作假、“懒政”等行为创造机会。
为此，有学者主张政府的财政经费不应再依据“囫囵吞枣”式的评价进行拨款，而应该细化到具体的专业、学科、研究领域，同时还应该在考虑到高等教育公平的情况下，对所有高校给予一视同仁的支持。其实，按照学科来对高校进行重点资助，有些省市教育部门已经启动。如浙江省教育厅在今年11月13日下发的《关于开展省重点高校建设计划申报工作的通知》中，规定遴选这次省重点高校的主要标准，就是以一级学科的建设为依据。目前，这项工作已经在省内各高校开始实施。按学科资助高校看似更加科学合理，并给所有高校创造了平等参与竞争的机会，但是，倘若目前的经费资助机制不变，就有可能再次陷入误区。譬如，按学科资助的方式，会不会导致高校内部的学科差距越拉越大，出现强者更强的马太效应;不同学科领域的教师之间，由于资源分配差距的扩大会不会出现新的矛盾;高校会不会因此过于偏重特色学科、强势学科的发展，从而影响复合型人才的培养?
总之，不管是政府按照高校类别、层次，还是按照学科对高校提供经费支持，都应该改进和完善经费资助体系，确保高校在公平竞争的前提下，提升高等教育质量。
第一， 引进市场竞争、公开招标的理念和方法，探索政府与高校之间的基于公平、质量、发展的委托-代理关系，为所有有实力的高校公平争取资源搭建平台。
第二， 建立滚动发展、动态调整的机制，打破“一旦获取、终身拥有”的这种“懒政”局面。要根据资助经费的承受能力建立有限名额制、淘汰制、定期重新遴选制，从而增加入围高校、学科的压力意识和责任意识，同时激励未入围者的发展意识。
第三， 切实建立多方参与评价的质量评估体系。对高校、学科建设周期内的质量评价，不但要政府、高校参与，还要有独立于政府和高校之外的第三方评价机构、科研机构、用人单位、社会等相关主体的参与，并对相关的评价主体的评价地位赋予相应的权重系数，确保给予资源资助的评价结果客观、公正。
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