虽然教育部表态不存在存废“211”、“985”的情况，但从教育改革和发展的趋势看，“985”、“211”工程，迟早要被废除、取消的，因为这些工程、计划，是行政部门按传统的行政计划思路管理高等教育，而国家教育规划纲要和十八届三中全会《决定》，都明确要求，要深入推进教育管办评分离改革，落实和扩大学校的办学自主权。为此，国家有关部门应该认真思考985、211工程的存废问题，并进一步清理其他教育工程、计划。
“985”、“211”工程，是为建设世界一流大学、一流学科而启动设立的，但综观世界发达国家，所有世界一流大学，都不是“计划”出来的，而是靠自由竞争办出来。行政主导的985、211工程，非但不利于学校自由、平等竞争——制造出学校的三六九等，连带催生基础教育的“名校情结”和大学生就业中的学历歧视——还阻碍学校办学自主权的落实，行政部门通过项目立项评审、管理，把管理、办学、评价全部集中自己手中。客观上说，通过985、211工程，高校获得了国家更多的投入，利用投入改善了办学设施，可是我国高校的整体办学水平，与世界一流大学相比，还有相当大的差距。
转变政府职能，调整政府管理学校的方式，落实和扩大学校办学自主权，已成为国家层面发展高等教育的基本共识，此前，我国已经在推进中央向地方放权，地方向学校放权过程中，取消了国家重点学科评审，如果能进一步取消存在多年的“985”、“211”工程，会很大程度改变我国高等教育的生态。
首先，可通过废除“985”、“211”工程，创造高等学校平等竞争的环境。废除“985”、“211”，不只是停止有关项目申请，还要从根本上消除“985”、“211”这样的概念，目前，我国高校已贴上“985”、“211”等标签，既影响学校的招生，又影响学生的求学、升学(考研)、就业，假如只是不再推行“985”、“211”项目，但依旧保留985高校、211高校这样的概念，那么，学校的标签会依旧存在。
其次，以废除“985”、“211”工程为基础，清理一系列行政计划以及行政治校思维。对于985、211工程的走向，高等教育界人士，有不少希望对“985”、“211”进行所谓的“推陈出新”。按照行政思维，再怎么对工程、计划进行创新，都无法摆脱行政计划的色彩，行政评审、行政评价所存在的问题，诸如权力寻租、弄虚作假、形式主义等问题，就难以消除。政府部门要彻底放权，不能欲放还留。
再次，要探索建立全新的教育拨款体系，保障政府部门对公立高校的投入以及学校的财政独立性。“985”、“211”工程，说到底，是政府部门把拨款权掌握在自己手中的一种方式，通过项目申请、立项给高校拨款，美其名曰可以对国家资源进行统筹，发挥更大的效益，但结果却是学校的跑部钱进、急功近利和经费的跑冒滴漏。废除“985”、“211”工程的实质，是改革教育拨款方式，为此，要探索建立国家(和地方)教育拨款委员会，负责教育拨款预算，并监督政府部门拨款以及高校具体使用拨款，假如不能建立教育拨款委员会，拨款还是由政府部门说了算，行政办学就难以改变。
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