昆山杜克大学采用注重学生综合能力的“541模式”进行录取；参加2021年高考的学生均可在两轮申请截止日期（2021年1月3日和2月18日）前通过学校本科网络申请系统申请昆山杜克大学。中国内地22个招生地区分别为：北京、天津、河北、辽宁、吉林、上海、江苏、浙江、安徽、福建、山东、河南、湖北、湖南、广东、重庆、四川、陕西、江西、黑龙江、内蒙古和广西。此外，昆山杜克大学也面向中国港澳台地区和全球招生。
昆山杜克大学本科中国招生录取院长李含果博士对教育部和江苏省教育厅等教育主管部门对学校综合评价录取模式的大力支持表示感谢。他表示，“昆山杜克的本科教育从2018年启动以来已经招收了三届本科生，通过拥有全英文小班授课、专属教授导师、深度科研参与、跨学科创新课程等特色的通识博雅教育，收获了在校生和家长们的广泛好评，也积累了良好的社会声誉和口碑。2021年我们会继续通过综合评价录取的模式，招收全面发展、有多元化才能、具有成长为未来国家栋梁之材潜质的优秀高中毕业生。欢迎向往国际化高等教育的应届高三学生和家长们积极了解昆山杜克独树一帜的本科教育，踊跃申请。”
昆山杜克大学的本科生将有机会在中美两个国家学习、生活；完成四年学业的合格毕业生将获得美国杜克大学学士学位、昆山杜克大学本科学历证书和学士学位，并成为杜克大学全球17万校友网络的一员。
昆山杜克大学的本科课程以通识博雅教育为基础，新生入学时不分专业，可以广泛选择学习不同的课程以发掘自己的学科兴趣，学生们可在大二下学期结束前根据自己的兴趣、学科特长和未来发展自主选择专业。每个专业都采取了双结构设计，具有跨学科、跨专业特点，既涵盖广义的跨学科核心内容，也聚焦本专业的重点知识。本届招录的学生可选的专业有14个，包括数据科学与大数据技术、经济学、材料科学与工程、国际事务与国际关系、数字媒体艺术、化学、环境科学、历史学、全球健康学、数学与应用数学、心理学行为科学、计算机科学与技术等。
学校采用注重学生综合能力的“541模式”进行录取，将综合考量申请人高考成绩（权重50%）、学校自主综合评估（权重40%）、高中学业水平考试（会考）成绩（权重10%），择优录取。申请者在规定时间内递交入学申请后，学校将对入学申请者及其申请材料进行审核，邀请初审通过的申请者参加校园日活动，接受面试和笔试。综合评估结果将于2021年4月下旬以电子邮件形式通知申请者，高考之后，进入入围名单的申请者具有在提前录取批次填报昆山杜克大学志愿的资格。
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