经过世纪之交全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校划归教育部管理，目前教育部直属高校总数为75所。建国以来国家历次所确定的重点大学多为目前教育部的直属高校。
教育部直属高等学校(75所)
北京市(24所)：
北京师范大学 北京大学 清华大学
中央音乐学院 中央戏剧学院 中央美术学院
北京林业大学 北京交通大学 北京外国语大学
中国政法大学 中国传媒大学 北京中医药大学
北京语言大学 中国人民大学 对外经济贸易大学
北京化工大学 北京邮电大学 中国地质大学(北京)
华北电力大学 中央财经大学 中国矿业大学(北京)
中国农业大学 北京科技大学 中国石油大学(北京)
上海市(8所)：
复旦大学 上海交通大学 同济大学 上海财经大学
华东理工大学 东华大学 上海外国语大学 华东师范大学
江苏省(7所)：
南京农业大学 中国矿业大学 东南大学 河海大学
中国药科大学 江南大学 南京大学
湖北省(7所)：
武汉大学 华中师范大学 华中农业大学 中南财经政法大学
武汉理工大学 华中科技大学 中国地质大学(武汉)
陕西省(5所)：
长安大学 西安交通大学 西北农林科技大学
陕西师范大学 西安电子科技大学
四川省(4所)：
四川大学 西南交通大学 电子科技大学 西南财经大学
山东省(3所)：
山东大学 中国海洋大学 中国石油大学(华东)
吉林省(2所)：
吉林大学 东北师范大学
广东省(2所)：
中山大学 华南理工大学
辽宁省(2所)：
东北大学 大连理工大学
天津市(2所)：
南开大学 天津大学
湖南省(2所)：
中南大学 湖南大学
重庆市(2所)：
重庆大学 西南大学
黑龙江(1所)：
东北林业大学
安徽省(1所)：
合肥工业大学
浙江省(1所)：
浙江大学
甘肃省(1所)：
兰州大学
福建省(1所)：
厦门大学
国务院侨务办公室直属高等学校(2所)
福建省(1所)：华侨大学
广东省(1所)：暨南大学
工业和信息化部直属高等学校(7所)
北京市(2所)：北京理工大学 北京航空航天大学
江苏省(2所)：南京理工大学 南京航空航天大学
黑龙江(2所)：哈尔滨工业大学 哈尔滨工程大学
陕西省(1所)：西北工业大学
中央军事委员会直属高等学校(2所)
北京市(1所)：国防大学
长沙市(1所)：国防科学技术大学
国家民族事务委员会直属高等学校(6所)
北京市(1所)：中央民族大学
湖北省(1所)：中南民族大学
四川省(1所)：西南民族大学
甘肃省(1所)：西北民族大学
宁夏区(1所)：北方民族大学
辽宁省(1所)：大连民族学院
公安部直属高等学校(5所)
北京市(1所)：中国人民公安大学
辽宁省(1所)：中国刑事警察学院
河北省(1所)：中国人民武装警察部队学院
河南省(1所)：铁道警官高等专科学校
浙江省(1所)：公安海警学院
中国科学院直属高等学校(1所)
安徽省(1所)：中国科学技术大学
交通运输部直属高等学校(1所)
辽宁省(1所)：大连海事大学
共青团中央委员会直属高等学校(1所)
北京市(1所)：中国青年政治学院
外交部直属高等学校(1所)北京市(1所)：外交学院
司法部直属高等学校(1所)河北省(1所)：中央司法警官学院
卫生部直属高等学校(1所)北京市(1所)：北京协和医学院(原中国协和医科大学)
国家体育总局直属高等学校(1所)北京市(1所)：北京体育大学
中共中央办公厅直属高等学校(1所)北京市(1所)：北京电子科技学院
中华全国总工会直属高等学校(1所)北京市(1所)：中国劳动关系学院
中华妇女联合会直属高等学校(1所)北京市(1所)：中华女子学院
中国民用航空总局直属高等学校(3所)
天津市(1所)：中国民航大学
四川省(1所)：中国民用航空飞行学院
广东省(1所)：广州民航职业技术学院
国家煤矿安全监察局直属高等学校(1所)河北省(1所)：华北科技学院
中国地震局直属高等学校(1所)河北省(1所)：防灾科技学院
中国海关总署直属高等学校(1所)上海市(1所)：上海海关学院
国家林业局直属高等学校(1所)江苏省(1所)：南京森林警察学院(原南京森林公安高等专科学校)
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