学校前身为仲恺农工学校，是第一次国共合作时期，近代民主革命著名的政治活动家何香凝先生等提议、国民党中央为纪念廖仲恺先生爱护农工的意愿而决定创办的。学校于1927年招生，何香凝先生首任校长15年。1984年，经教育部、农牧渔业部批准，学校升格为本科院校，定名“仲恺农业技术学院”，国家副主席王震同志题写校名。2008年3月，经教育部批准，更名“仲恺农业工程学院”。
为争取社会各界支持办学，促进学校发展，1987年4月，根据国家副主席王震提议，经中共广东省委同意，成立了学校董事会，王震任名誉董事长，广东省省长叶选平任董事长。1997年，广东省省长卢瑞华任第二届董事会董事长。2008年，广东省省长黄华华任第三届董事会董事长。董事会成员由国家领导人、省部级领导以及港澳知名人士担任。
学校的建设和发展备受各级领导和社会各界的高度重视与关心。党和国家领导人叶剑英、邓小平、杨尚昆、王震先后为校园内的廖仲恺何香凝纪念馆、廖仲恺铜像、何香凝汉白玉塑像和廖仲恺纪念碑题字。国家主席杨尚昆，全国人大常委会副委员长廖承志、何鲁丽、周铁农，全国政协副主席廖晖、霍英东、马万祺等多次亲临学校视察指导工作。广东省省委、省政府及省教育厅一贯关心、支持学校建设，有力地推动着学校健康快速发展。海内外各界人士深怀对廖仲恺、何香凝及其开创事业的崇敬和景仰，不断给予精神和物质上的大力支持，霍英东、马万祺、何厚铧、曾宪梓、何鸿燊、杨钊、刘宇新等一批港澳社会名流为学校捐款兴建实验楼、图书馆、体育馆、教学楼等，添置教学科研和医疗卫生设备，设立奖教奖学金，为学校办出特色、办出水平不遗余力。
八十多年来，学校为经济社会发展培养了一批批优秀人才，其中包括基层农业技术干部、专家、学者以及省部级领导干部，他们中的杰出代表有中国工程院院士曾溢滔、原农业部部长陈耀邦等。
目前，学校占地面积111.47万平方米，其中海珠校区占地17.78万平方米，白云校区占地60.34万平方米，钟村实习农场占地33.35万平方米。学校现有教职工931人，其中具有副高以上职称的320人，具有硕士学位以上的624人；现有享受国务院政府特殊津贴人员14人，全国优秀教师3人，省级教学名师2人，南粤优秀教师9人，广东省“千百十人才工程”省、校级培养对象51人，博、硕士生导师138人。学校图书馆藏书110万册，全文电子期刊2.5万种，各类全文和文摘题录数据库18个。
学校于2006年获得硕士学位授予权，2009年1月被教育部评为本科教学工作水平评估优秀学校。学校现设有17个二级学院（系、部）和华南地区最大的雅思考点；拥有1个博士后科研工作站、4个硕士一级学科点、5个农业推广硕士招生领域、45个本科专业，其中16个名牌、特色专业，含2个国家级特色专业、4个省级特色专业。学校面向全国14个省市招生，现有全日制本科生、研究生12000余人。浏览更多信请进入ms211.com
学校拥有各级各类重点学科17个，精品课程16门，重点实验室5个。近五年，学校承担各级各类科研课题886项，其中国家级45项，省部级271项；获国家科技进步二等奖2项，全国农牧渔业丰收三等奖1项，教育部科技二等奖1项，广东省科技一等奖2项、二等奖3项、三等奖7项，中国石油化工协会科技进步一等奖1项、二等奖和三等奖各1项，广东省农推二等奖5项、三等奖4项。学校共出版学术著作300余部，发表学术论文6000余篇，其中被SCI、EI、ISTP三大检索系统收录220篇，在国际权威杂志Nature上发表论文1篇。
学校先后与英国利物浦大学、诺丁汉大学，美国夏威夷大学、威斯康星大学，澳洲昆士兰大学，日本创价大学等建立了友好互访和学术合作关系。
近年来，学校先后被评为全国暑期“三下乡”社会实践先进单位、广东省回乡大学生开展农业科技下乡活动先进单位、广东省青年志愿服务优秀集体、广东省教育系统纪检监察先进集体、广州地区建立侨捐监督管理制度工作先进集体、广州市文明单位，在管理和社会服务方面得到了社会广泛认可。
